除了明確付款期限外，新修訂條例還針對大型企業付款附條件的情況作出了禁止性規定。在以往的商業合同中，部分大型企業可能會在合同中設置類似“以收到第三方付款作為向中小企業支付款項的條件或者按照第三方付款進度比例支付中小企業款項”的“背靠背”條款。所謂“背靠背”條款，指合同中負有付款義務的一方當事人設置的，以其在與第三方的合同關系中收到相關款項作為其支付本合同款項前提條件的條款。

對于中小企業而言，“背靠背”條款意味著它們的收款依賴于第三方的付款情況。如果第三方付款延遲或者出現付款問題，中小企業將不得不承擔由此帶來的收款風險。這可能導致中小企業在已經交付貨物、工程或服務后，長時間無法獲得應得的款項，影響其生產經營活動的正常開展，甚至可能導致企業資金鏈斷裂。此外，中小企業通常在供應鏈中處于相對弱勢的地位，很難對第三方付款情況進行有效地監督和控制。

新《條例》禁止大型企業在合同中設置此類“背靠背”條款，這一規定有助于保護中小企業的合法權益，營造更加健康、有序的商業環境。

新《條例》第十一條規定：“機關、事業單位和大型企業使用商業匯票、應收賬款電子憑證等非現金支付方式支付中小企業款項的，應當在合同中作出明確、合理約定，不得強制中小企業接受商業匯票、應收賬款電子憑證等非現金支付方式，不得利用商業匯票、應收賬款電子憑證等非現金支付方式變相延長付款期限。”

新《條例》非現金支付方式的監管主要體現在原《條例》僅提及商業匯票的基礎上，新加入應收賬款電子憑證這類非現金支付方式。當前，非現金支付方式如商業匯票、應收賬款電子憑證等在商業交易中被廣泛應用。然而對于中小企業而言，非現金支付方式的流動性相對較差，且其支付和結算過程相對復雜，使得中小企業在資金周轉上面臨較大壓力，尤其是在需要支付原材料采購、員工工資等日常運營費用時，資金短缺問題尤為突出；非現金支付方式的流動性較差的特性同時可能導致中小企業在實際操作中往往被迫接受低于市場利率的補償或承擔變相融資成本，使得中小企業在交易中處于不利地位。

隨著應收賬款電子憑證的廣泛應用，部分付款義務方利用其拖延支付的問題日益突出。鑒于此，本次新《條例》在第十一條中，將應收賬款電子憑證納入與商業匯票同等嚴格的監管范疇，明確禁止利用應收賬款電子憑證變相延長付款期限，填補了此前“影子票據”監管領域的空白，實現了我國行政法規層面對應收賬款電子憑證的專門規定，為非現金支付方式的后續相關監管政策的完善和細化提供了明確的方向指引。

這一規定確立了爭議款項分階段支付機制，為中小企業在部分履行爭議中維護自身權益提供了有力保障。根據該規定，若交易部分存在爭議但不影響其他部分履行，采購方應當對無爭議部分立即支付，避免了“部分爭議拖垮整體回款”的風險。這一制度創新使中小企業能夠在爭議解決過程中繼續獲得部分資金支持，無需因部分爭議而停止全部生產經營活動，無爭議部分的及時支付可以維持中小企業的基本運營資金需求，保障其資金鏈的連續性，避免因資金短缺而導致企業運營陷入困境。

新修訂《保障中小企業款項支付條例》第十二條：“機關、事業單位和國有大型企業不得強制要求以審計機關的審計結果作為結算依據，法律、行政法規另有規定的除外。”

本次新條例第十二條刪除了原有“合同另有約定”的例外條款。這意味著僅有法律、行政法規才能將審計機關的審計結果作為結算依據，當事人不得自行約定，該條款破解了工程款結算和支付因審計而“久拖不決”的困局。

新《條例》在“第三章監督管理”一章強化了政府監督管理和投訴機制。例如：加強縣級以上人民政府及部門的工作責任，豐富工作監督方式，要求縣級以上人民政府及部門通過監督檢查、函詢約談、督辦通報、投訴處理等措施，以加大對拖欠中小企業款項的監管力度，形成了全流程監管閉環。

新《條例》第六條同時強調行業協會、商會等組織的重要性，要求行業協會商會為中小企業提供信息咨詢、權益保護、糾紛處理等中小企業亟須的服務，提升保護效果。

新《條例》還為中小企業完善了投訴機制的維權渠道。新《條例》第二十四條要求建立國家統一的拖欠中小企業款項投訴平臺，加強投訴處理機制建設，與相關部門、地方政府信息共享、協同配合。